实行董事会领导下的校长负责制。
设立校长办公会、学术委员会、顾问委员会、学位评定委员会等，按照相关规定开展活动，形成学校董事会和校长依法行使职权、教师治学、民主管理、社会参与的大学治理体。
设立中国共产党宁波东方理工大学（暂名）委员会，充分发挥党委政治核心作用，强化政治引领和思想引领，把握社会主义办学方向。
宁波市虞仁荣教育基金会
宁波市虞仁荣教育基金会是学校的发起者和举办者。宁波市虞仁荣教育基金会依法成立，专注于资助建设民办教育事业，培养前沿科学研究和高技术领域的高层次人才，推进我国教育事业发展。
宁波东方理工大学教育基金会
宁波东方理工大学教育基金会旨在资助建设民办教育科研事业、全面建设新型研究型大学、推动培养拔尖创新人才、推进我国教育事业发展，通过推动宁波东方理工大学与社会资源良性互动合作，广纳社会资源推进大学创建与发展。
董事会
董事会是学校重大事项的决策机构。其成员由地方政府代表、大学管理团队代表、虞仁荣教育基金会成员代表、教职工代表和其他社会各界知名人士等组成。其主要职能包括聘任或解聘校长，根据校长提议聘任或解聘副校长，审定学校章程及财务预、决算报告，审批学校中长期发展规划、年度工作总结和计划，审批学校人力资源等重大制度，决定行政单位和学术单位的废立及学校其他重大事项。
校务委员会
校务委员会是学校行政议事决策机构，主要研究处理重大教学、科研、行政管理工作。坚持科学决策、民主决策、依法决策。讨论决定学校重大问题，应在调查研究基础上提出建议方案，经领导班子成员沟通酝酿且无重大分歧后提交会议讨论决定。参会成员包括校长、党委书记、常务副校长、副校长、秘书长、总务长和总会计师等学校领导班子成员。根据工作需要，可邀请相关人员列席会议。
党委
设立中国共产党宁波东方理工大学（暂名）委员会，充分发挥党委政治核心作用，强化政治引领和思想引领，把握社会主义办学方向。
学术委员会
学术委员会是学校最高学术机构，负责学术事务的决策、审议、评定和咨询等事项。学术委员会遵循学术规律，尊重学术自由、学术平等，鼓励学术创新，促进学术发展和人才培养，提高学术质量，保障教师、科研人员和学生在教学、科研和学术事务管理中充分发挥主体作用，促进学校科学发展。学术委员会由教授会选举产生的教授委员、校长与校长委派的委员组成。
教授会
教授会是教授们开展学术交流、参与学校管理的自治组织，由全体全职正教授、副教授及助理教授组成，依据教授会章程运行。教授会选举产生校学术委员会委员，并选举代表参加学校董事会。选举或决策时实行票决制，一人一票。在学部及学校直属学院成立教授分会，按照学校教授会章程运行。
国际咨询顾问委员会
聘请关心学校改革与发展、在国际高等教育领域具有较高威望和影响力的知名人士担任委员，负责对学校重大问题提出意见和建议。
